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    2010基因组生物学技术进展年会Advances in Genome Biology and Technology(AGBT) Meeting

    2010 AGBT Meeting2012年2月2日 11:06 点击:2544

     2010基因组生物学技术进展年会Advances in Genome Biology and Technology(AGBT) Meeting http://agbt.org

     基因组生物学技术进展年会Advances in Genome Biology and Technology(AGBT)
    The 11th annual Advances in Genome Biology and Technology (AGBT) meeting will be held in Marco Island, Florida, from February 24-27, 2010. The AGBT meeting is now widely regarded as the premier scientific forum for capturing information about the latest advances in new DNA sequencing technologies and their applications to diverse areas in biology and biomedical research. The meeting will have daytime plenary sessions that feature keynote speakers, additional invited speakers, and abstract-selected talks. These sessions will highlight cutting-edge research in areas such as next-generation DNA sequencing technologies, genome structure and function, cancer genomics, metagenomics, medical sequencing, complex genetic diseases, and population genomics. Technical approaches being developed and utilized in contemporary genomics research will be presented during evening concurrent sessions. Our annual pre-meeting 'training' workshop will feature talks on practical applications of various next-generation sequencing instruments from experienced practitioners. Please plan to join us in Marco Island, where the relaxed atmosphere and outstanding science at the 2010 AGBT meeting will again provide an exceptional opportunity to meet and interact with scientific leaders from the many disciplines being advanced by large-scale DNA sequencing and genomics.

    The organizing committee for the 2010 AGBT meeting includes Eric Green (NHGRI/NIH), Elaine Mardis (Washington University School of Medicine), Deanna Church (NCBI/NIH), Gina Costa (Life Technologies Corp.), George Grills (Cornell University), Tim Harkins (Roche Applied Science), Steven Jones (BC Cancer Agency), Andre Marziali (University of British Columbia), Michael Metzker (Baylor College of Medicine), Chad Nusbaum (Broad Institute of MIT and Harvard), Len Pennacchio (LBNL), Lisa Stubbs (University of Illinois), and Mike Zody (Broad Institute of MIT and Harvard).

     
    相关信息

    每一年的基因组生物学技术进展年会(AGBT),都成为各大测序公司和基因组学公司争相宣?#25216;?#23558;发布的技术或展示新数据的平台。基因组学领域的研究人员?#24067;?#27982;一堂,急于了解这些技术的新进展。今年的AGBT在美国佛罗里达州的马可岛召开。会议上有几家公司都宣布推出新的测序系统,其中有第三代的单分子测序仪,也有当?#23433;?#24207;仪的升级。


    Pacific Biosciences
    美国Pacific Biosciences

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    Pacific Biosciences就是这其中的一家。第一代的Pacbio RS测序仪将会在2010年第二季度发送给客户。会上,Pacific Biosciences技术总监Stephen Turner的报告颇为激动人心。新仪器的单个读长已达10351个碱基,Turner宣称,他们内部试验的读长甚至达到2万个碱基,这?#23545;?#36229;过了目前新一代测序仪的几百个碱基。不过,有必要说明一下,只有一小部分读数能真正达到这么长。用户能自行决定仪器运行多久。短运行将产生大量的短读数,更长的运行将产生少量非常长的读数。


    通过测序之前的模板环化,就能够在单次运行中对同一个分子进行多次测序,产生非常准确的序列读数。至于它的错误率是多少,Turner没有明说。这个测序平台看上去也相当?#23376;茫?#26679;品放入一个抽屉,测序盒放入另一个抽屉,仪器内的自动化液体处理系统干完剩下的一切,手工操作极少。


    Applied Biosystems

    美国应用生物系统公司Applied Biosystems ABI  
    会议上,Applied Biosystems介绍了两款新仪器,一款是SOLiD系统的升级-SOLiD 4,另一款则是全新的单分子测序仪。根据生命科技公司科学运营部门的高级主管Kevin McKernan的报告,在早期测试阶段,SOLiD 4 能够在单次运行中产生120 GB以上的原始数据,其中87 GB的可作图数据。这样,研究人员就能在单次运行中对两个人类基因组进行测序,覆盖度在10-20倍。根据McKernan的说法,如果磁珠大小能减少到500 nm,那么测序通量有望超过330 GB。点击索取更多资料!


    除了SOLiD系统的升级,Applied Biosystems还在开发另一项单分子测序技术。这项技术使用Qdot纳米晶体作为核心的测序引擎。专为测序而设计的纳米晶体,与DNA聚合酶分子相连。该系统监测核苷酸实时掺入到增长的DNA链中。随着核苷酸的掺入,Qdot纳米晶体的光子转移提供能量,产生了特有的彩色荧光。测序系统记录了发光的时间和颜色,以确定每条DNA链的DNA序列。


    该技术的特别之处在于理论上它能产生无限制的读长。生命科技公司的技术总监Joseph Beechem指出,运行可中途打断,洗掉现有的聚合酶分子,并替换成新的,从而替换掉化学损伤失活的分子。替换之后,链继续延伸,这意味着理论上洗脱-替换的过程能反复进行,直到你测序完毕。如果这是真的,那么这种无限读长将会深刻地改变基因组学。不过,目前还没有错误率和通量的具体数字。今年第四季度,这种单分子测序仪就将运抵早期合作者的实验室,相信我们很快就能看到获得这些数字。


    Ion Torrent

    美国Ion Torrent
    它是本次年会上最大的惊喜之一。Ion Torrent似乎一直默默无闻,却在会上推出了一款廉价小巧的新一代测序仪。当核苷酸加入到增长的DNA?#35789;保?#27682;离子释放,Ion Torrent的设计正是依赖这一点。新平台在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后?#26469;?#25530;入ACGT。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到。


    与其它新一代测序仪相比,Ion Torrent的测序仪非常小巧,而且也很便宜,仪器的价格约为5万美元,?#30475;?#36816;行时试剂和样品制备的价格约为500美元。当然,这指的是美国本土的价格。最初的读长为100 bp。测序通量为?#30475;?#36816;行150 Mb,暂不足以与其他测序仪?#36141;猓?#20294;其价格相当有吸引力。


    上述仪器,今年都会面世。让我们拭目以待,看看它们是否能改写测序历史吧。

    (来源: 2010 AGBT Meeting )


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