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    生物信息数据挖掘培训班

    acadeevent2018年9月21日 11:12 点击:217

    生物信息数据挖掘培训班

    113-4日   北京

    .课程背景

    高通量芯片及测序技术的快速发展和应用积累了海量的生物学数据,多个数据库诸如GEOTCGAArrayExpress等被建立用来存储、查询以及分析挖掘有意义的生物信息。这些数据库具有免费、公开、操作界面友好的特点,几乎覆盖了所有器官组织细胞相关的基因组、转录组、表观组、蛋白?#39318;?#31561;数据。了解这些数据库,掌握数据挖掘的相关技?#23665;?#26377;助于我们快速寻找?#31185;?#30340;?#33455;?#38774;点,提高科研的质量和效率,发表高质量的SCI论文奠定基金申请所需的前期工作基础等。

     

    .适用人群

    通过生信大数据分析,提炼并?#33455;?#31185;学问题的科研人员?#33455;?#29983;、博士生

    有科?#34892;?#27714;的临床医生

    企事业单位的研发技术人员

     

    .课程特点

    1.零基础入门级,无需生物信息学背景、无需编程能力教你如何运用现有数据库挖掘有价值科研信息

    2.交互式数据分析和探索,从多个数据源获取数据,并将数据转化为可用的形式

    3.内容集中,通易懂,学完能够快速上手

    4.理论与实操相结合,注重思路与案例带教齐头并进

     

    .课程内容

    时间安排

    课程表

    介绍


    2018年11月3日

    09:00-10:20

    生物数据挖掘与科研

    1. 生物数据挖掘概述

    2. 常规高通量检测技术介绍

    了解掌握生物大数据挖掘的背景知识


    10:40-12:00

    常用数据库

    1. 基因综合数据库NCBI

    2. 基因表达数据库GEO

    掌握生物数据解读、查找和存储的能力


    13:30-15:00

    差异表达分析

    1. 方法介绍

    2. 软件实现

    3. GEO2R工具

    4. 差异基因可视化

    5. 火山图、热图绘制

    无需编程,快速实现差异基因表达分析和可视化,掌握绘制火山图和热图的常规软件


    15:20-17:00

    功能富集分析

    1. 基本原理介绍

    2. GO与KEGG数据库

    3. 富集分析常用软件介绍

    4. 功能富集分析结果可视化及解读

    掌握GO、KEGG、DAVID等数据库的使用


    2018年11月4日

    09:00-10:20

    基因/蛋白互作分析

    1. 基因/蛋白互作数据库介绍

    2. Cytoscape软件介绍与操作

    3. 网络拓扑性质分析

    4. 常用插件使用

    熟练运用Cytoscape绘制高质量的基因/蛋白互作网络图,并掌握利用网络拓扑性质实现关键靶点的挖掘策略


    10:40-12:00

    数据挖掘相关SCI文章解析

    1. ?#33455;?#38774;点挖掘策略

    2. 经典SCI文章套路解析

    经典文章解析进一步理解数据挖掘的相关思路


    13:30-16:00

    实操

    1. 基因和蛋白基本信息查找

    2. Blast序列比对

    3. Primer-BLAST PCR引物设计

    4. GEO数据库查找

    5. GEO2R软件应用

    6. 火山图绘制

    7. 热图绘制

    8. GO数据库查询

    9. KEGG数据库查询

    10. DAVID功能富集分析

    11. STRING数据库挖掘互作关系

    12. Cytoscape绘制基因互作网络

    13. 关键基因(hub节点)寻找

    14. MCODE子网络模块挖掘

    通过自己动手进一步理解高通量数据挖掘的理念,掌握常用软件的使用。


    16:00-17:00

    交流与答疑


     

    五.讲师介绍:

    陈博士,北京协和医学院博士毕业,目前在大型综合三甲医院专职科研,发表SCI论文十余篇,擅长生物信息学与基础医学交叉?#33455;俊?#25968;据库信息挖掘及数据可视化。

     

    .课程预期

    1. 学会利用现有公共数据库挖掘相关疾病潜在靶点的思路

    2. 掌握实现数据挖掘的关键软件

    3. 数据可视化及高质量科研图片绘制

    七.数据可视化示例

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    培训地点:北京好特热温泉酒店(地处丰台区方庄商圈,近三环路)
    报名咨询:张依寒 13681810839   微信同号
    邮箱:[email protected]; [email protected]

    (来源: acadeevent


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