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    现在位置首页>行业专用>生物芯片>基因芯片> SABiosciences第二代功能分类基因芯片

    商品编号:54635
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    SABiosciences第二代功能分类基因芯片

    价    格:询价

    产    地:美国更新时间:2016/12/19 11:00:40

    品    牌:SABiosciences型    号:

    状    态:正常点击量:1966

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    济南堃康医疗器械有限公司

    联 系 人:李经理

    电     话:18253171090

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    等     级: (第 4年)

    性     质:生产型,

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    SABiosciences公司新近推出了第二代功能分类基因芯片。该芯片基于SABiosciences公司开发的200多种 Oligo基因芯片(第一代功能分类基因芯片),结合了实时定量PCR和第一代功能分类基因芯片的优点,可在一次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平。
      SABiosciences公司第二代功能分类基因芯片的研发过程中,攻克了从反应体系优化到基因准确定?#24247;?#22810;方面的技术难点。该芯片不仅克服了实时定量PCR检测基因表达工作量大、耗?#26412;?#30340;缺点,而?#21307;?#22522;因芯片的检测精度提高到了与实时定量PCR相当的水平。

    1、引物设计严谨
    SYBR Green
    可与所?#26800;?#21452;链DNA反应(包括引物二聚体),为了使扩增反应集中于?#24247;?#22522;因,避免非特异性扩增,引物设计成为关键因素。为得到单一特异的扩增产物,避免扩增出序列相似的非特异性产物,采用BLAST或者其他比对方法,检测引物在相应物种(如人,小鼠或大鼠)全基因组?#26800;?#29305;异性。为了保证在相同的PCR条件下(特别是统一的退火温度),不同基因均能扩增出相应的特异性产物,对引物的CG值,解?#27425;?#24230;(Tm),以及其他化学和物理的特性都进行了优化调整。为了获得高扩增效率,对扩增片段的长度也进行了优化,?#35805;?#20026;100200bp,确保在统一的循环反应的时间?#27573;?#20869;,不同基因均能扩增出完整片段。
    2、反应体系优化
    为避免非特异性扩增,使用化学修饰的热启动Taq酶,只?#33455;?#36807;热激步骤,Taq酶才能发挥扩增活性。同时,反应体系经过优化,可最大限度减少引物二聚体形成,并且保证较难扩增的片段都得到极高的扩增效率。
    3、定量结果可靠
    在标准的96PCR反应仪中进行实时定量PCR实验,为了获得高通量,无法为每个样品单独制备标准曲线。在完全相同的PCR反应条件下,希望表达量不同的多个基因均获得可?#24247;?#32467;果,需要确保每个基因都有较高的扩增效率,从而可采用简单的△△Ct方法计算基因表达量。


    SABiosciences
    第二代功能分类基因芯片
      第二代功能分类基因芯片与第一代功能分类基因芯片共同之处在于,对基因按照信号通路或者功能进行有?#24247;?#30340;分类和筛选,避免了高通量基因芯片因数据过多而难以分析的缺点,数据分析直接高效。而相较第一代功能分类基因芯片,第二代功能分类基因芯片还具有以下的优越性:使用芯片即可达到实时定量PCR的精度,实验结果无须再进行实时定量PCR验证。

    灵敏度高 扩增效率好——RNA量最低可至0.5ng,扩增效率达到100%

    ?

    1模板为人总RNAGA-004)的10倍梯度稀释样品,采用?#25628;?#30151;细胞因子和受体芯片(APH-011A),分别检测看家基因和炎症特异性基因的表达。以Ct值为纵坐标和RNA样品量为横坐标作图。样品量最少为0.5ng,线性?#27573;?#36798;到1050.5ng5ug)。斜?#31034;?#20540;为-3.26±0.41,说明扩增效率达到约100%

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    线性?#27573;?#24191;——线性?#27573;?#36798;到105

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    2正常乳腺组织和乳腺癌的总RNABioChain InstituteInc.5.0ug)反转录为cDNA作为模板。采用人癌症信号通路发现者芯片(APH-033A),实验重复三次。不同样品线性?#27573;?#22343;可达到105;在不同的样品稀释度下,同一看家基因?#21335;?#23545;表达量均相同。

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    重复性好 误差?#27573;?#23567;——在低Ct值下,重复性好

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    3为检测芯片重复性,对两种不同样品分别进行3次重复,共6次实验。A显示89个基因(包括84个通路特异性基因和5个看家基因)Ct值的均值,并且每个点上均标明相应的标准差。可见Ct值低时,重复性好(误差?#27573;?#23567;),Ct值高,重复性较差(误差?#27573;?#36739;大),与实时定量PCR的预期结果一致。B说明,Ct值标准差均值约为0.25个循环。因此,对于大多数基因(Ct值小于30),超过2倍的表达差异(显著性差异)可以准确测出。C通过Ct值的CV值检测重复性。同样,CV值低表明重复性好。

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    特异性高——产物特异性高,可区分同一样?#20998;械?#21516;源基因

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    4为检测第二代功能基因芯片的特异性,单独测定每个基因的熔解曲线,随后进?#24515;?#33014;电泳检测。结果表明,熔解曲线和凝胶电泳结果一致,熔解曲线均只出现一个峰,电泳图中只?#26800;?#19968;条带,条带大小与预期结果一致。因此,芯片检测结果特异性高,可以区别RNA样?#20998;型?#19968;基因家族的同源基因。

      综上所述,第二代功能分类基因芯片,由于其灵敏度高,样品的使用?#24247;停?#27599;张芯片使用的总RNA最少可为0.5ng;可观察到的动态线性?#27573;?#36229;过105,可以同时检测表达量差异较大的基因;Ct值的平均差异只有0.25个循环,可检测超过两倍的基因表达量变化。因此,第二代功能分类基因芯片是?#33455;?#29305;定信号通路或者一组功能相关基因表达?#24247;?#29702;想方法。





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